Việc khai thác thuộc địa tại một nơi giàu có như Đông Ấn đã góp phần vào tiến trình công nghiệp hóa của Hà Lan, nó cũng đặt nền móng cho ngành công nghiệp của Cộng hòa Indonesia sau này. Người Hà Lan đã đưa đến Đông Ấn các loài cây như cà phê, trà, ca cao, thuốc lá, cao su và một phần rộng lớn của Java đã trở thành các đồn điền do nông dân Java trồng trọt, qua trung gian là người Hoa, sau đó được các thương nhân châu Âu xuất khẩu ra thị thường hải ngoại.[11] Trước Chiến tranh thế giới thứ hai, Đông Ấn Hà Lan sản xuất ra hầu hết nguồn cung canh ki na và hồ tiêu của thế giới, hơn một phần ba nguồn cung cao su, một phần tư nguồn cung dừa, và một phần năm nguồn cung về trà, đường, cà phê và dầu. Lợi nhuận đến từ Đông Ấn Hà Lan đã kiến cho Hà Lan trở thành một trong các thế lực thực dân quan trọng nhất thế giới.[11] Tuyến tàu thủy Koninklijke Paketvaart-Maatschappij đã giúp thống nhất nền kinh tế tại thuộc địa và đưa các tàu thuyền liên đảo đi qua Batavia, thay vì phải qua Singapore, do đó hoạt động kinh tế tập trung hơn tại Java.[23]

Mặc dù số tiền thu vào gia tăng nhờ hệ thống thuế đất, tình hình tài chính của thực dân Hà Lan đã bị ảnh hưởng do phải chi phí lớn cho các cuộc chiến tranh Java và Padri, và việc người Hà Lan để mất Bỉ vào năm 1830 đã khiến họ đến bên bờ vực phá sản. Năm 1830, một Toàn quyền mới, Johannes van den Bosch, đã được bổ nhiệm để khai thác tài nguyên của Đông Ấn bù đắp lại khó khăn tài chính. Người Hà Lan đã lần đầu tiên có được quyền thống trị về chính trị khắp đảo Java vào năm 1830,[24] và do đó họ đã có thể đưa vào các chính sách nông nghiệp mà trong đó việc trồng trọt là do chính quyền kiểm soát. Được gọi là cultuurstelsel (hệ thống trồng trọt) trong tiếng Hà Lan và tanam paksa (cây trồng cưỡng ép) trong tiếng Indonesia, các nông dân được yêu cầu phải giao lại (như một hình thức thuế) một lượng cố định các nông sản đã định sẵn, như mía đường hay cà phê.[25] Phần lớn Java trở thành đồn điền của Hà Lan và doanh thu của chính quyền thực dân tăng liên tục trong thế kỷ 19, số tiền này được tái đầu tư vào Hà Lan để cứu đất nước này thoát khởi nguy cơ phá sản.[11][25] Từ năm 1830 đến 1870, người Hà Lan đã kiếm được 1 tỉ guilder từ thuộc địa Đông Ấn của họ, và trung bình 25 phần trăm ngân sách của chính phủ Hà Lan mỗi năm đến từ số lợi nhuận này.[26] Tuy nhiên, hệ thống trồng trọt đã gây nên nhiều khó khăn kinh tế cho các nông dân Java, họ đã phải trải qua nạn đói và các dịch bệnh trong thập niên 1840.[11]

Các ý kiến chỉ trích tại Hà Lan đã khiến cho phần lớn các mức quy định thái quá của hệ thống canh tác đã bị loại bỏ trong các cải cách ruộng đất của "Thời kỳ Tự do". Từ năm 1870, những người sản xuất đã không còn bị bắt phải cung cấp thu hoạch của họ cho việc xuất khẩu, song Đông Ấn Hà Lan vẫn mở cửa cho các doanh nghiệp tư nhân. Các doanh nhân Hà Lan đã thiết lập nên các đồn điền lớn và mang tới cho họ nhiều lợi nhuận. Sản lượng đường đã tăng gấp đôi từ năm 1870 đến 1885; các cây trồng mới như trà và canh ki na phát triển khỏe mạnh, cao su cũng đã được đưa đến, khiến cho lợi nhuận của người Hà Lan gia tăng đáng kể. Các thay đổi không chỉ giới hạn trong Java hay nông nghiệp; dầu từ Sumatra và Kalimantan đã trở thành một nguồn tài nguyên có giá trị cho châu Âu đang tiến hành công nghiệp hóa. Lợi ích thương mại của Hà Lan đã mở rộng ra khỏi Java đến các hòn đảo xa sau khi ngày càng có nhiều hơn các vùng lãnh thổ nằm dưới quyền kiểm soát trực tiếp hay chịu ảnh hưởng của người Hà Lan trong nửa sau của thế kỷ 19.[11] Tuy nhiên, sự khan hiếm đất để trồng lúa, cộng với số dân tăng lên đáng kể, đặc biệt là ở Java, đã dẫn đến các khó khăn hơn nữa.[11]

Suy thoái kinh tế toàn cầu vào cuối thập niên 1880 và đầu thập niên 1890 đã khiến giá cả các mặt hàng mà thực dân Hà Lan dựa vào bị sụt giá. Các ký giả và công chức đã nhận xét rằng phần lớn cư dân Đông Ấn không có đời sống tốt hơn thời kỳ trước khi điều chỉnh Hệ thống Canh tác và hàng chục nghìn người chết vì đói.[27] Giá cả hàng hóa đã phục hồi sau cuộc suy thoái, dẫn đến gia tăng đầu tư tại thuộc địa. Buôn bán đường, thiếc, cơm dừa khô và cà phê đã trở nên phát đạt, và cao su, thuốc lá, trà và dầu cũng trở thành các mặt hàng xuất khẩu chính.[28] Cải cách chính trị đã gia tăng quyền tự chủ cho các chính quyền thuộc địa địa phương, thoát ra xa khỏi quyền kiểm soát trung ương từ Hà Lan, trong khi đó, quyền lực cũng được phân chia giữa chính quyền tại Batavia và các đơn vị.

Nâng cấp cơ sở hạ tầng các cảng và đường bộ là ưu tiên ở mức cao của người Hà Lan, với mục tiêu hiện đại hóa nền kinh tế, tạo điều kiện thuận lợi cho thương mại, và gia tăng tốc độ của các hoạt động quân sự. Năm 1850, các kỹ sư Hà Lan đã chủ trì xây dựng và nâng cấp một mạng lưới đường bộ với 12.000 km bề mặt được trải nhựa đường, 41.000 km đường được rải đá và 16.000 km đường có bề mặt được rải sỏi.[29] Ngoài ra, người Hà Lan đã sử dụng các nhân công Đông Ấn để xây dựng nên 7.500 kilômét (4.700 mi) đường sắt, các cây cầu, các hệ thống thủy lợi bao phủ 1,4 triệu ha ruộng lúa, một số cảng, và 140 hệ thống nước uống công cộng. Wim Ravesteijn đã nói rằng, "Với những công trình công cộng này, các kỹ sư người Hà Lan đã xây dựng cơ sở vật chất cho nhà nước Indonesia thuộc địa và hậu thuộc địa."[30]